在生活中,很多人都不知道质粒图谱(有这个就够了)是什么意思,其实他的意思是非常简单的,下面就是小编搜索到的质粒图谱(有这个就够了)相关的一些知识,我们一起来学习下吧!
(相关资料图)
质粒图谱(这就够了)
做分子实验,经常和不同的质粒打交道,需要知道各种质粒的图谱信息。今天,我将向大家介绍如何找到质粒图谱。
方法一:使用Vector NT软件。
Invitrogen的软件绝对是分子生物学bug的福音。为了更直观的了解质粒图谱,有必要安装这个软件。
该软件的软件包将包括Invitrogen公司的所有质粒图谱以及其他常见和经典的质粒图谱。
方法:查找质粒图谱网站。
载体数据库(addgene)
地址:http://www.addgene.org/
这个网站非常方便用户。它曾被称为lablife。现在网站已经整合,门户是http://www.91bio.com/carriers-website-to-find/.为例,查找pRS质粒图谱,直接在搜索框输入pRS。你可以看到有30多个这样的质粒。
找到需要的质粒名称,点击回车,就可以看到质粒图谱了。
以之一个质粒pRSII413为例。如上图,质粒图谱难看吗?是啊,我也觉得很丑。没事的。你看过视图序列吗?点击,我们将得到质粒图谱的序列。
向量数据库
网站:http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector.html
这个网站页面很简单,但是分类很直观,汇总分类很完整。包括所有表达系统的质粒信息。
但是,唯一让我困扰的是,这个网站没有搜索栏,太没有人情味了。那么如何才能从这么多的质粒信息中找到我们需要的质粒信息呢?没关系,我们有网页人物搜索功能,看到红色标注的部分。
方法是:编辑网页工具栏——在这个页面查找,然后输入你的质粒名称,就可以了。比如我们输入pRS,有用的信息会像搜索栏一样出现吗?
点击质粒我们需要进入如下页面,以质粒pRS303为例,如下图所示:有用信息除了一些关于质粒的描述性语言,最重要的部分就是红色标记,序列链接条目就是质粒的序列。点击NCBI链接直接去NCBI。如何在NCBI获得质粒图谱将在下面详细解释。
美国国家生物技术信息中心
网站:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
本文重点介绍如何利用NCBI查找质粒图谱信息。如下图,在搜索下拉框中选择核苷酸,在搜索栏中输入质粒名称,以pRS303为例:
搜索后,我们得到搜索结果,如下图所示。在右边点击发送,选择文件、genebank等选项,点击创建文件,得到一个gb格式的文件,导入vector软件,得到我们需要的质粒图谱。
谷歌和谷歌奖学金
谷歌真的是个好东西。学生应该学好它的用法。虽然有时候墙内提示打不开,但是搜索效率真的很高。
搜索公式:质粒名称+图谱
质粒名称+序列+文件类型:txt或文件类型:pdf
或者:去谷歌点击“图片搜索”直接找到图集。
魅力剑阁(由热情的生物组织)
http://yoou.bokee.com/5757561.html
其他核酸数据库。
欧洲分子生物学实验http://www.ebi.ac.uk/ EMBL
方法:一些重要试剂公司的网页
其实也是一些网站,因为这些网站除了可以获得质粒图谱等信息外,还可以获得质粒的使用信息,所以单独拿出来做一个分类。现在很多质粒,尤其是应用广泛的质粒,都被一些公司商业化了。基本上,一个质粒会让你想起一个公司的名字。
比如简单的克隆载体pMD18-T,TaKaRa;PGM-T,天根;一些表达载体,最广泛使用的,pET系列,Novagen公司(默克);Duet系列载波带双MCS,无尤优资源网vagen毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k、pPIC9k、pPICZA、pPICZaA等。,都属于Invitrogen另外,有些pYES酿酒酵母表达系统也是Invitrogen的,所以如果你知道常见质粒属于哪家公司,去他们公司网站肯定能找到这个质粒的相关信息。
直接在他们公司主页的搜索栏搜索质粒名称,得到质粒序列和图谱。更何况你可以下到表情系统的操作手册。看完pET表达系统原核表达的操作手册,就可以看红酵母表达系统真核表达系统了。
方法:如何找到改造后质粒的质粒图谱?
有些质粒被修改了,用上面的方法找不到相应的信息。这时候可以在google scholar中输入质粒名称,就可以直观的看到哪些学者在哪些文章中使用过该质粒,这样就可以知道质粒的来源或者向作者咨询或者索取。
谷歌学者:http://scholar.google.com/
此外,还介绍了如何通过文献找到修饰质粒的图谱信息,Kuhlman,T. E .和E. C. Cox (2010)。「大型合成构建体的位点特异性染色体整合」。核酸研究38(6):e92。
本文介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法,文中介绍了作者自己改造的三种质粒。怎么才能找到这三个质粒的图谱?
首先在PubMed中搜索文献,如下图。
许多人找到文献并下载下来。其实有用的信息很多,比如文章的补充,如上图右边标注的部分。核苷酸和蛋白质都是非常重要的信息。点击右边的核苷酸进入以下页面。本文涉及的所有六个质粒序列都是可用的。点击进入。根据第二种方法,NCBI可以下载质粒图谱来获得这些质粒的图谱,当然前提是本文作者已经将载体信息上传到了NCBI。
方法五:论坛求助。
这也应该算是新手童鞋获取质粒图谱的好方法。去丁香园等一些知名的网上交友论坛求助是个馊主意。不鼓励。此外,还有丁香园论坛整理的“丁香园质粒图谱库”